Настоящее имя — Стипетич Вернер.
Детство провел в горной деревушке в Верхней Баварии. Жизнь среди дикой природы оказала сильное влияние на личность и мировосприятие X., наложив отпечаток на его творчество. После развода родителей X. переехал с матерью в Мюнхен, где посещал гимназию, а с 1956 г. путешествовал по Югославии и Греции, работал сварщиком на металлообрабатывающем предприятии. Сдав в 1961 г. экзамены на аттестат зрелости, он увлекается кинематографом, снимает в 1962 г. короткометражную ленту "Геракл", а в следующем основывает собственную кинокомпанию "Вернер Херцог Фильмпро-дукцион". В это же время в погоне за экзотикой он много путешествует, посещает Мексику, Америку, что не мешает ему изучать историю, литературу и театроведение в Мюнхене и Питтсбурге, публиковать статьи о кино в журнале " Фильм -студио", заниматься литературным трудом.
В 1964 г. его сценарий "Знак огня" получает приз Карла Майера, а через два года X. создает ленту "Беспримерная защита твердыни немецкого креста" (1966), своеобразный этюд к своему будущему дебюту в игровом кино "Знаки жизни" (1967, "Серебряный медведь" на МКФ в Берлине, 1968), который он снимает в Греции. Там же он создает короткометражный фильм "Последнее слово" (1968), отмеченный Главным призом в Оберхаузене.
В 1967-1968 гг. под различными псевдонимами X. выигрывает три приза литературного конкурса Баварского радиовещания, премированным, среди прочих, оказывается и рассказ об основании утопического государства в Гватемале, задуманный X. еще во время его поездки в Мексику.
В 1968—1970 гг. во время пребывания в Сахаре он снимает фильм "Фата Моргана", показывающий картины времен заката цивилизации и призывающий к доисторическому единству человека и природы. Эта лента заслуженно принесла X. репутацию "поэта камеры".
С фильмом "Агирра гнев божий", созданном в 1972 г. в Перу, Херцогу впервые удается попытка выхода к широкой публике благодаря участию в картине международной кинозвезды Клауса Кински. Картина рассказывает об одном из самых загадочных и кровавых походов испанских конкистадоров в поисках таинственного Эльдорадо. В центре повествования — история мятежного офицера Л one де Агирра, решившего единолично завладеть золотом инков и обрести власть над миром. Несмотря на документальную основу, картина представляет собой красочную, завораживающую фантазию на тему бунта и одержимости — магистральной темы творчества X., и здесь, в Клаусе Кински, он нашел идеального соратника для ее воплощения. "Агирра" — один из самых ярких антиколониальных фильмов в истории современного кино и один из самых впечатляющих в художественном отношении. В своей погоне за необычным X. выбирает такие съемочные места, где подвергает себя и своих сотрудников экстремальному риску. (Он сам называл свой способ делать фильмы "атлетическим трудом".) Для своих фильмов, рассказывающих об аутсайдерах, изгоях и париях общества, обреченных условиями своего существования на изоляцию и гибель, он часто приглашает дилетантов, экзотический имидж которых он использует для своих персонажей.
Фильм "И карлики начинали с малого" (1970) — парабола деформированного социального поведения, в которой участвуют исключительно карлики. На примере бунта заключенных-карликов, задумавших освободить своего товарища, X. показал, что любой анархический бунт, направленный против порядка, несет в себе разрушение не только негативных, но и позитивных факторов реальности.
В фильме "Каждый за себя и бог против всех" (1974, спец. пр. жюри, пр. ФИПРЕССИ МКФ в Каннах, 1975) воссоздается переработанная история жизни легендарного найденыша Каспара Хаузера, обнаруженного в 20-летнем возрасте после пожизненной изоляции в темном подвале в окрестностях Нюрнберга. Каспар, нетронутый влиянием цивилизации, олицетворяет человечность в ее первозданном виде. Общество же предстает на экране как крайняя форма подавления личности, оно видит в нем чужака, недочеловека и приводит его к гибели. Именно непрофессиональная аутентичность исполнения Бруно С. (чернорабочего и уличного музыканта, 20 лет проведшего в тюрьмах и психбольницах) придала образу Каспара невероятную экспрессию, трагизм и особую социальную остроту.
Съемки ленты "Сердце из стекла" (1976) происходили в горах Верхней Баварии, где прошло детство X. Сюжет, найденный в баварском фольклоре и обработанный для экрана поэтом и режиссером Г. Ахтернбушем, близок по духу магическим балладам, которые так любили немецкие романтики. Безумный хозяин фабрики убивает красавицу Людмилу, чтобы использовать ее кровь для изготовления рубинового стекла. Постепенно его безумием заражается вся деревня, почти все население, которой гибнет в результате катастрофы на фабрике. Режиссер определял работу над картиной как экстремальную, т. к. все актеры снимались под гипнозом, который он рассматривал как "средство стилизации". Именно благодаря гипнозу создается атмосфера галлюцинации, коллективного помешательства, способствующая гибели общины. Так в стилистическом решении выразилась главная идея картины: человечество как под гипнозом неумолимо и завороженно движется к своей гибели. Та же мысль звучит и в картине "Носферату — призрак ночи" (1978), римейке классической ленты Мурнау "Носферату — симфония ужаса". Параллельно с этими двумя сказочными романтическими балладами X. продолжает развивать свою вторую — социально-критическую тему, в фильме "Строшек" (1977) о человеке, который не может освоиться в окружающем мире. Фильм заимствует некоторые мотивы биографии Бруно С, вновь исполняющего главную роль. Эмиграция в Америку не спасает Строшека от непосильного гнета привычной действительности, попытка ассимиляции в американской действительности заканчивается полным крахом. Самоубийство героя завершает трагедию бесправного существования, раскрытую режиссером с реалистической достоверностью.
"Войцек", поставленный в 1978 г. с Клаусом Кински в главной роли, — экранизация пьесы Г. Бюхнера. X. воссоздал фрагмент драмы с редкостной верностью первоисточнику.
В 1979 г. в Перу начинаются приготовления X. к фильму "Фицкар-ральдо" (1981; пр. МКФ в Каннах, 1982; пр. междунар. католического кинобюро (OCIC) на МКФ в Сан-Себастьяне, 1982), ставшему заключительным аккордом фильмов о бунте и поражении. В период кау-чукого бума на рубеже столетия мечтатель и искатель приключений Брайн Суини Фицджеральд, прозванный местными жителями Фиц-карральдо, мечтает освоить на старом пароходе отдаленную плантацию каучуковых деревьев в перуанских джунглях, чтобы, разбогатев, построить в городке на Амазонке оперный театр и приглашать на гастроли лучших артистов Старого Света. Экспедиция Фицкарральдо не удается, хотя и не совсем. Заключительный кадр зависает между мечтой и реальностью: с бортового граммофона приближающегося к городку белого парохода доносится прекрасная оперная ария в исполнении Карузо.
В 1983 г. в Австралии X. играет в фильме Пауля Кокса "Человек цветов" и вновь возвращается в своей картине "Там, где мечтают зеленые муравьи" (1984) к критике цивилизации на примере австралийских аборигенов и экономической эксплуатации американским урановым концерном.
В 1985 г. режиссер инсценирует в Болонье оперу Бузони "Доктор Фауст", в 1987 г. в Бейруте "Лоэнг-рин", в 1991 г. в Катанье "Волшебную флейту", в 1991 -1992 гг. сотрудничает во "Вьеннале" (Венский кинофестиваль).
А всего с 1962 г. он выпустил как продюсер, сценарист и режиссер больше 40 фильмов, опубликовал больше дюжины книг в прозе и инсценировал такое же число опер.

Фильмография:
"Геракл" (Herakles), 1962; "Игра в песках" (Spiel im Sand), 1964; "Беспримерная защита твердыни немецкого креста" (Die beispiellose Verteidi-gung der Festung Deutschkreuz), 1966; "Знаки жизни" (Lebenszeichen), 1967; "Последние слова" (LetzteWorte), "Меры против фанатиков" (Massnahmen gegen Fanatiker), оба — 1968; "Летающие врачи Восточной Африки" (Diefliegenden Arzte von Ostafrika), 1969; "И карлики начинали с малого" (Audi Zwerge haben klein angefangen), "Ограниченное будущее" (Behinderte Zukunft), оба — 1970; "Страна молчания и темноты" (Land des Schwei-gens und der Dunkelheit), 1971; "Агирра гнев божий" (Aquirre, der Zorn Gottes), 1972; "Великий экстаз резчика по дереву Штайнера" (Die grosse Ekstase des Bild-schnitzers Steiner), "Каждый за себя и бог против всех" (Jeder fur sich und Gott gegen alle), оба — 1974; "Никто не хочет со мной играть" (Mit mirwill keinerspielen), "Сердце из стекла" (HerzausGlas), оба — 1976; "Строшек" (Stroszek), 1977; "Носферату — призрак ночи" (Nosferatu — Phantom der Nacht), "Войцек" (Woyzeck), оба — 1978; "Вера и валюта" (Glaube und Wahrung), 1980; "Фицкарральдо" (Fitz-carraldo), 1981; "Там, где мечтают зеленые муравьи" (Wo die grunen Ameisen trau-men), "Баллада о маленьком солдате" (Ballade vom kleinen Soldaten), "Гасхер-брум — сверкающая гора" (Gasherbrum — Der leuchtende Berg), все— 1984; "Зеленая кобра" (Cobra Verde), 1987; "Пастухи солнца" (Wodaabe — Die Hirten der Sonne), 1989; "Эхо из мрачного царства" (Echos aus einem dusteren Reich), 1990; "Крик камня" (Sehrei aus Stein), 1991; "Лекции в темноте" (Lektionen im Finsternis), 1992; "Колокола из глубины" (Glocken aus der Tiefe), 1993; "Маленький Дитер хочет летать" (Little Dieter Needs to Fly), 1997; "Мой дорогой враг — Клаус Кински" (Mein liebster Feind — Klaus Kinski), 1999; "Непобедимый" (Invincible), 2000.